在很久很久以前，茫茫宇宙之中，上帝？神？或者说第一是始祖民族诞生，他们将生命的种子，放在称之为月的载体上。
不知过了多久，生命的种子诞生并茁壮，成长出了一颗生命之树。
在生命之树到达顶点之后，从而诞生出这个轮回中所有生命的祖先。
“亚当和莉莉丝”。
在亚当和莉莉丝诞生之后，生命之树便枯萎了，最后只剩下一部分根须。而这些根须后面变成了：
“朗基努斯之枪”
而在公元前40亿年至46亿年前，地球上并没有任何生命的存在，这时大量的陨石撞击地球，陨石裂开之后，一颗球体落在了未来的南极大陆上。
这颗球体被称之为白色月亮也就是白之月。
白之月内蕴藏着体型数十米的庞大生命体-亚当。
同样一起掉落的还有朗基努斯之枪和死海文书。
亚当一人产下十余名称之为使徒的生物，并将他们传送到地球的各处，使徒的任务就是日后回归亚当融合并重启生命之树，又称之为还原下一个生命的轮回。
正当这些使徒准备蠢蠢欲动的时候。
公元40亿年前，又一颗陨石撞击了地球，形成了第一次冲击，巨大的冲击力使得亚当和使徒们陷入了长时间的休眠，而陨石在撞击地球的一瞬间被弹开了，又因为地球引力的原因慢慢形成了月球，而陨石中落下了另一颗球体-黑色的月亮，这颗球体落在了未来的小日子国。
球体内藏着的就是名为莉莉丝的生命体，莉莉丝的体内流出了一种名为LCL的液体，这种类似于羊水的液体迅速遍布了全球，从LCL中诞生了动物、昆虫、细菌等数不胜数的生命体。
其中最具有智慧的就是人类，使徒是亚当的分身，而人类是莉莉丝的分身。
在黑暗的中世纪，一个宗教团体悄悄地成立了，这个教团缓慢但确实的扩张着自己的实力，最终在20世纪的中期，他们击溃了最后的一批抵抗势力，而后这个神秘的宗教团体改名为SEELE。
谁也想不到这个中世纪诞生的宗教组织会直接改变未来人类的命运。
1947年，SEELE在死海找到了死海文书，他们发现死海文书内记载着亚当、莉莉丝、以及人类的起源，并附上朗基努斯之枪的说明书，同时预言了第二和第三次冲击。
SEELE从死海文书中得知，一旦亚当和使徒接触便会直接导致人类灭亡，但由于当时的人类还没有能力阻止使徒，所以他们想出了一个大胆的想法，他们把亚当还原成卵的状态，让使徒找不到亚当。
于是他们在白之月附近建立起了研究所，2000年9月，在研究过程中，人类拔下了亚当身上的朗基努斯之枪，直接导致了亚当的觉醒，发现犯错后，人类尝试将浪迹努斯长枪重新插回去，但是发现没有用，由于人类体内有着18使徒的基因，加上智慧之果和生命之果结合在一起就会产生等于神的力量，所以亚当释放出了难以想象的反AT立场，形成了第二次冲击。
时间：西历公元2015年。
第三新东都市——关东地区。
炎炎夏日之下，烈日当空，原本应该熙熙攘攘、人头攒动的街面上，现在空无一人，商铺卷帘门紧闭，街边停靠着无数车辆，但是他们的主人却不知所踪，空气中透露着一丝诡异的气氛。
“唉！怎么有种到了末世的感觉呢？”
一名身穿白色短袖衬衣，一头乌黑柔软短发的少年，正带着一脸苦涩笑容的站在街边，他的身上背着一个黑色运动背包，脚边同样放着一个运动提包。
少年长得其实很好看，行如芝兰玉树，笑若朗月入怀，白净的脸颊上总是带着一抹淡淡的笑容，眼神清澈如一泓清水。
他就是我们的主角——碇真嗣。
对！就是现实世界中被无数eva粉丝痛骂称为“小受”的碇真嗣，《新世纪福音战士》中的男主角。
有着极端内向的性格，极其害怕接触陌生人，一直只是照着别人的要求而生活，之后慢慢地敞开了心扉，母亲死后就住在亲戚家中，他和碇源堂分居了十年，突然接到父亲的信而来到第三新东京都市。
这个碇真嗣就是货真价实的碇真嗣，只不过前段时间，碇真嗣做了一个很长的梦。
梦中的自己出生在了一个东方大国，自己的名字也不叫碇真嗣，而是叫李林。
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