考虑到明朝锦衣卫的臭名昭着，叶晨对自己的锦衣卫权力做了一定限制，不再可以随意逮捕任何人，而是不同级别的锦衣卫直接逮捕一定地位的人，且审讯公开，但不得有任何人干扰审讯。
如此一来，锦衣卫虽然权力还是那么大，但不至于像明朝的锦衣卫那么可怕，而且更受控制一些。
除了这些，叶晨还重设制定了法律，将太过于倾向权贵易引起民愤的法律修改，同时逐步在乡镇一级建立学堂，让小孩读书，打破贵族对知识的垄断，让寒门也拥有进步的机会。
除此之外，限制武将军权，将全国划分七个大军区，每个军区的大将每隔几年换一次，且每位大将当年纪达到一定地步就得退下来，这是防止一个大将带领某支军队时间太久，将这支军队转成私军，如果不断调动，大将在一个军区经营没多久就得离开，是难以做到将一支军队转化为私军，能大大减少大将的野心，就算有大将敢造反，手下也不会听他的。
做完这些，叶晨还做了一个最为重要的决定，那就是不再独尊儒家，但也不是抛弃儒家，不可否认，儒家对统治者来说是非常适合的学派，但单单独尊儒家也不利于国家与民族，必须要其他学派来制衡不至于一家独大。
像真实历史上，儒家本身是非常的好，只是因为历朝独尊儒家没有其他学派竞争，以至于文人集团空前强大，就像宋朝对武人压制过头，愚弄百姓，令民族懦弱被外族入侵。
在明朝文人集团更加疯狂，大名鼎鼎的土木堡之变表面上是打了个败仗，但其中更深层次的意义是当时文人集团与明朝开国功勋集团的博奕，为了击败明朝那些开国武勋赌上了国运，那一战不止英宗皇帝被擒，明朝开国功勋贵族被一扫而空，全部覆灭，而后便是文人独大。
到后期更有东林党专权，误国误民，平时大义凛然的众位文人大儒在清朝入关后立即剃掉头发扎起辫子跪起了新主子。
每每看到这里，叶晨都很愤怒，又无力改变什么，如今有个机会他毫不犹豫大肆削弱儒家。
首先，剥夺孔子后裔的诸般特权，爵位不剥还是奉祀君，一样世袭罔替，但不再有诸般特权。
对儒家他有意见，但对孔圣先师他还是很尊敬，孔子的儒家本意是好，只是让后世文人利用而已。
再然后，他下旨重振诸子百家，寄望春秋诸子百家还有没有传人流传下来，大力支持，重现百家争鸣的盛况。
当然，这估计是很久以后的事情，叶晨先以圣旨的形式传遍天下，先种下一颗种子，等以后再收成。
做完这几件关键的事，剩下的他就不在关心，将权力下放，组建了一个内阁来帮他处理政务，首批内阁成员只有十名，除了六部尚书外，还有绾绾、张陵、独孤峰、地剑宋智，以后会酌情增加，现在暂时就这些。
叶晨会限制军队将领权力，但不会特的打压，军人地位还是很高，内阁中有两名大将，分别是张陵以及兵部尚书。