黄帝得了九天玄女的传授后大喜，不过由于其已有正妻，但又不能让九天玄女做小，因此也是有些为难了起来。
还好九天玄女并未顾及名分，只要黄帝答应娶她为妻就好。九天玄女其实也是十分难受的，本来她在天庭做一女仙自由自在惯了的，不过由于其姿色过人，因此也是被这个新任的天帝给看上了。但她并未看上这个昊天帝，不过却不知怎么的就传入了王母的耳中，因此这次派女仙下界与黄帝联姻这个事情便落到了九天玄女的身上。这也是瑶池为了断绝昊天的非分想法而做出的，昊天自知理亏，也只得默认了。
在涿鹿的田野上，黄帝率领人族与蚩尤之九黎族人展开一场大决战，这就是著名的“涿鹿大战”。蚩尤布下百里大雾，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。黄帝利用天上北斗星永远指向北方的现象，造了一辆“指南车”，指引兵士冲出迷雾。
蚩尤见黄帝冲破了大雾的阻碍，便请风伯、雨师纵风下雨，以期困住黄帝的人。而黄帝便请女魃出手，止住了雨势，并请应龙蓄水，以阻挡蚩尤的进攻。
经过许多次激烈的战斗，黄帝先后杀死了蚩尤的八十一个兄弟，并最终活捉了蚩尤。而蚩尤所请的风伯、雨师，见情况不妙，便逃之夭夭了，以免被波及。而刑天却也独木难支，只得率领手下退回了九黎部落，准备休养生息，与黄帝再战。
黄帝虽说将蚩尤给生擒了，但普通刀剑均伤不了蚩尤的性命，就连人教教主老子所赐下轩辕剑也不成，这也令黄帝大急，不知应如何应对。还好此时居于三十三天外的伏羲却是派来了他的坐骑龙马，龙马得了伏羲的命令，返回到东海龙宫之中又请来了四位兄弟，将蚩尤四肢与头颅捆住，来了一个五马分尸，这样蚩尤算是被彻底的杀死了。不过黄帝仍然不放心，便命五只龙马将蚩尤分葬于五处，以免蚩尤会法术将其四肢与头颅相聚。
蚩尤戴过的枷锁被扔在荒山上，化成了一片枫林，每一片血红的枫叶，都是蚩尤的斑斑血迹。
蚩尤死后，他勇猛的形象仍然让人畏惧，黄帝把他的形象画在军旗上，用来鼓励自己的军队勇敢作战，也用来恐吓敢于和他作对的部落。后来，黄帝受到了许多部落的支持，渐渐成为所有部落的首领。
刑天听说蚩尤被黄帝五马分尸后，也是痛心疾首。为此他便轻装出发，准备暗中将黄帝给害了，这样也算是为蚩尤报仇了。
奈何黄帝身边有九天玄女、应龙、女魃为助，刑天被三人围困，一时间也是难以逃出，后黄帝也手执轩辕剑加入了战团。刑天左手握着长方形的盾牌，右手拿着一柄干戚斧，以一战四，刑天也逐渐落入了下风。此战直打了十天十夜，黄帝趁着刑天一个没留神，便利用手中的轩辕剑，将刑天的头颅砍下。
刑天一摸颈脖上没有了头颅，顿时惊慌起来，忙把干戚斧移到握盾的左手，伸出右手在地上**乱抓。他要寻找到他那颗不屈的头颅，安在颈脖上再和黄帝四人大战一番。
黄帝自然不会让刑天如意了，好不容易将刑天给打败了，刑倘若天真的摸到头颅，恢复原身又来和他来作对将大大的不妙。因此黄帝连忙举起手中的宝剑向旁边的常羊山用力一劈，随着“轰隆隆”的巨响传来，常羊山被劈为两半，刑天那巨大的头颅骨碌碌地落入山中，两山又合而为一，把刑天的头颅深深地埋葬起来。
刑天听到声响后，知道自己的头颅恐怕是被黄帝给藏起来了。因此刑天大怒之下，将上衣震碎了，以为眼，肚脐为嘴，一手舞干戚，一手舞盾牌，尖叫着要与黄帝决一胜负。
黄帝见刑天如此威猛，便也生了退却之心。因此便与九天玄女、应龙、女魅急速退走，不再与刑天过多的纠缠。
而此时赵无涯见黄帝等人退走了，便也偷偷的前来，他敬重刑天是一位顶天立地的汉子，便大袖一挥将刑天收入了袖中。毕竟刑天也是巫族的一名大巫，虽说他不应参与到人族的战乱之中，但这次他也得到了应有的惩罚。不过刑天还是有过人之处的，只要稍加调教对于巫族来说也是一大助力。以后佛教入侵六道轮回的话，也可以刑天来打头阵，以此来打压一下佛教的气焰。
黄帝随后也是在部落中设下酒宴，一为庆祝将刑天打败，二为祝贺与九天玄女结成夫妻。之前他与九天玄女虽然名义上为夫妻，但并未举行过婚礼，也未曾入过洞房，这次也是要好好的办一下。实际上九天玄女刚开始也是有些排斥黄帝的，她总以为区区一界人族的帝王，根本就配不上她。但经过许久的相处，九天玄女也是逐渐了解黄帝，知道他是一位大贤者，抵触的情绪也是逐渐退却，不知不觉间也已经不可救药的爱上了黄帝。
因此黄帝提议要举行婚礼，九天玄女也是羞涩地答应了。这也让黄帝高兴坏了，本来他也没有多少奢望，只要名义上有这个妻子就好了。人家可是天界的仙女，自己虽说名义上是帝王，但由于人教教主并未正式册封，他也觉得自己是高攀了。
婚礼举行之时，黄帝的老师广成子也是特意到场了。黄帝与天界拉上了关系，广成子也是想来敲打一下他的，免得人族也与天界走得过近，这可就得不偿失了。
广成子的到来也令黄帝高兴坏了，对于广成子的暗示黄帝也是没有在意，在他看来天庭高高在上，似乎并不会与人族产生什么交集的。更情况黄帝与九天玄女结成夫妻也是天帝的安排，自己也不好薄了妻子的面子。
当九天玄女将她在天庭的遭遇与黄帝说明后，黄帝对于天界的好感顿时没有了。没想到这个天帝也太好色了，而王母也有些小肚鸡肠了。不过黄帝对于王母的安排倒是非常的满意，否则自己也不能娶到这么如花似玉的妻子来。
黄帝在位期间，人族部落也是高度发达。大体上共有如下功绩：
隶首作数，定度量衡之制；天文，阴阳五行，十二生肖，甲子纪年；命风后衍握奇图，始制阵法；伶伦取谷之竹以作箫管，定五音十二律，合於今日；正妃嫘祖始养蚕以丝制衣服；与岐伯讨论病理，作《黄帝内经》；命大臣仓颉始制文字，具六书之法；采首山（河南襄城县南五里）之铜以造货币；造舟车、弓矢、房屋等发明。
黄帝感觉自己的功德已满，也开始准备选择起自己的继承人了。他可不想如神农氏般将人族这么大好的局面败坏了，首先便在后辈之中考察起了人选（肥水不流外人田），希望在他飞升火云洞后能够承继帝王之位。